时间点为TV版两年后的暑假。海人成为了高中三年生，其他人亦踏出了自己的道路。有天，去了海人家中游玩的哲郎发现了一卷磁带，而当中记录的正是两年前的暑假、拍摄电影前所拍摄的试拍。。魔晶学院内战火重燃，暗黑势力再度来袭，魔晶少年团再度集结，他们又将面临一场更加艰巨凶险的挑战。危机面前，魔晶少年团能否再次突破重围，千瑞能否披上魔晶猎人的战袍带领大家化险为夷……。
